Presentado en 2005, el Toyota Yaris II adopta un diseño más moderno y recibe la primera motorización híbrida de su segmento en 2006. Supera al Peugeot 207 y al Volkswagen Polo IV en fiabilidad a largo plazo.
Gama de motores: 1.0 VVT-i de 69 CV, 1.3 VVT-i de 87 CV, 1.5 HSD híbrido de 100 CV (2006), 1.4 D-4D de 90 CV diésel. El Yaris híbrido es el primer híbrido compacto en Europa: un avance tecnológico significativo.
La versión híbrida 1.5 HSD es extremadamente fiable con una robusta batería NiMH: pocos fallos documentados antes de los 200.000 km. En los 1.0 y 1.3 VVT-i, las cadenas de distribución duran toda la vida: no está previsto su reemplazo. El 1.4 D-4D: vigilar la válvula EGR y el FAP.