El Peugeot 406 fase II llegó con el restyling de abril de `1999` y mantuvo sus puntos fuertes: confort, espacio, buen aislamiento y comportamiento estable. La gama pasó a gasolina EW `1.8`, `2.0`, `2.2`, V6 `3.0` ES9J4S y, sobre todo, diésel HDi `2.0` y `2.2 HDi FAP`. Para conservar fiable un Peugeot 406, conviene hacer aceite anual si hay ciudad, líquido de frenos cada `2 años`, sistema de refrigeración limpio y correa entre `120 000` y `180 000 km` según motor e historial.
Los HDi hasta `2002` requieren vigilar calidad del gasóleo, inyectores, fugas de rampa y bomba de alimentación; el `2.2 HDi` añade FAP, aditivo, EGR y volante bimasa. El V6 de `210 CV` es agradable, pero pide bobinas, fugas de aceite, termostato y ventiladores controlados. En el 406 automático, los cambios dudosos piden diagnosis y servicio de aceite. Tren delantero, rótulas, silentblocks, frenos traseros, mazos, BSI y elevalunas deben revisarse cada año.